一、從根源入手徹底解決問題
有一種觀點認為，按進出口平衡原則，只要將進口環節增值稅不做其他安排，全部用于安排出口退稅，就可解決出口欠退稅問題。這個辦法從理論上看似乎可行，但是增值稅按毛收入分配的體制依然沒有改變，財政支出按毛收入增長的壓力依然沉重，財政隱患依然存在。而且，如果征收的進口增值稅款小于出口應退稅款，或進出口貿易出現大量逆差，出口欠退稅問題還會再次出現。這個辦法也沒有解決根子問題。
既然出口欠退稅問題的根源是增值稅的分配體制，那就應該從問題的根源入手，改革現行的增值稅分配體制，建立一個既有利于促進出口和經濟發展，又有利于財政的正常運轉，同時又能體現中央與地方共同負擔出口退稅的新機制。只有這樣，才能使國家財政一勞永逸地擺脫出口退稅問題的困擾。
二、解決問題的具體思路
一是對今年的出口退稅缺口，要想辦法尋找資金，盡可能地補足缺口，盡量少發生新的欠退稅;
二是對已經發生的陳欠，要控制數額，逐年消化;
三是建立新的機制，確保以后年度不再發生新的欠退稅。具體思路如下:
1、力爭今年不增加或少增加新欠退稅
第一，將今年中央稅收超收部分(包括進口稅收和國內稅收)盡量用于增加出口退稅指標，以解決指標的缺口。
第二，中央財政在增加退稅指標后，如仍不足，可向地方(主要是東南沿海)講明情況，今年從地方分成比例中扣下2個或3個百分點，專門用于當地企業的出口退稅，地方政府應該是可以接受的。
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