集裝箱基本運費計收，采用班輪公司的運價本或船公司的運價本。目前，中國遠洋運輸(集團)總公司按航線、貨種和箱型，定有集裝箱貨物運價本。對整箱貨采用包箱費率的形式，即對具體航線實行分貨種和箱型的包箱費率或不分貨種只按箱型的包箱費率。而對拼箱貨，則按貨物品種及不同的計費標準計算運費。
集裝箱運費之附加費
除基本運費外，集裝箱貨物也要加收附加費。附加費的標準根據航線、貨種不同而有所不同的規定。中國遠洋運輸(集團)總公司包箱費率表中，目前列有下列幾種附加費目：①超重、超長、超大件附加費;②半危、全危、冷藏貨附加費;③選擇或變更目的港附加費;④轉船附加費;⑤港口附加費和擁擠附加費;⑥其他附加費。
集裝箱運輸費用構成
1、集裝箱運輸費用構成，包括：
(1)整箱/整箱：裝港拖箱費+碼頭操作費+運費+卸港碼頭操作費+拖箱費。
(2)整箱/拼箱：船公司提供的拖箱費+碼頭操作費+運費+拆箱費。
(3)拼箱/拼箱：裝箱費+運費+拆箱費。
(4)拼箱/整箱：裝箱費+運費+碼頭操作費+船公司提供的拖箱費。
2、運輸費用計算方式
(1)包箱費率：以每個集裝箱為計費單位，據中國遠洋運輸公司使用的交通部《中國遠洋貨運運價本》有以下3種包箱費率。
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