拼箱貨比整箱貨的通關手續更復雜，花費的時間更長。其一，整箱貨正好符合出口和進口國家的海關查驗、封關、放行的最小單位，一批貨物，只要出口人和進口人提交的單據合理合法并且完整無缺，出口海關和進口海關辦妥相關手續和征收相關稅費以后，均會很快予以通關放行。而拼箱貨就不會有這么簡單和快捷。只要集裝箱里的貨物有一票貨物的單證出了紕漏，出口海關就不會對該貨物放行。因為出口海關必須對出關的集裝箱做好關封以后才允許載貨集裝箱出境。因此，同一個集裝箱里，任何一家貨物不通關，勢必影響其它貨物的及時出口和運輸。其二，拼箱貨物遠不如整箱貨物的貨源廣泛和靈活性，它需要運輸公司額外招攬并合理搭配一些裝運港、目的港、交貨期、貨物的品種、體積、重量等各方面的條件都很適宜配進同一個集裝箱的出口貨物。這些要求做起來難度很大，需要的時間也比較長。如果貨主托運的運輸公司經營能力不強，那么，貨物運輸的時間還會拖延得更長。其三，在一般情況下，整箱貨物可以直接在內地口岸裝運，而拼箱貨物因為內地貨源相對較少，沿海貨源相對較多的因素，只適合在發達的沿海口岸交貨。這無疑又會給出口人增添許多額外的麻煩。按照我國政府的有關規定，出口貨物必須通過生產所在地和出口報關所在地的商檢局檢驗。如果貨物在生產所在地的省(自治區、直轄市)所轄范圍內的本地報關出口，則一批貨物只需辦理一次商檢就可以了。否則，如系異地報關，一批法定檢驗的出口商品，必須經過兩處檢驗，海關才會予以放行。
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